Общей инструкцией в начале анализа является предложение расслабиться, войти в полусонное состояние со свободно плавающим вниманием и говорить абсолютно все, что приходит в голову. При этом акцент делается на том, чтобы проговаривать все возникающие мысли и чувства, даже если они кажутся несущественными, неприятными или глупыми, в том числе относящиеся к анализу и личности аналитика. Именно так в идеале применяется основной метод — метод свободных ассоциаций. Фактически Фрейд и Юнг были первыми психологами, исследовавшими этот феномен. Фрейд чисто эмпирически, исходя из своих клинических наблюдений, Юнг строго научно, изобретя тест словесных ассоциаций.
Метод основан на идее, что по-настоящему свободные ассоциации человека, сумевшего оставить рациональное мышление, вовсе не являются случайными и подчинены четкой логике — логике аффекта. Однако во фрейдистской интерпретации такая цепочка ассоциаций, если удастся преодолеть сопротивление, обязательно приводит к ядру психического конфликта — комплексу и раннему травматическому опыту, лежащему в основе его формирования. Таким образом, предполагается, что все звенья этой цепи связаны и чем дальше мы продвигаемся, тем ближе мы к выяснению сути. Поэтому Фрейд постулировал возможность прямых интерпретаций (если при любом начале ассоциирования все равно приходишь к одному и тому же результату) и принципиальную допустимость самоанализа.